1993年12月10日，上海申花足球俱乐部成立，成为中国足坛历史上第一家由企业管理、和体委脱钩的球队，也被认为是中国第一家真正的职业足球俱乐部。
1992年初，中国改革开放迈向纵深，给处于发展中的中国足球职业化改革提供契机。6月底，中国足协在北京红山口八一体工大队驻地召开以改革为主题的工作会议(史称“红山口会议”)。这次会议，明确了中国足球职业化方向，足球正式成为体育改革的突破口，时任中央政治局委员指示：足球体制改革争取一步到位，建立职业俱乐部体制，主要以转播权、广告、门票、彩票、转会费等养活自己；中国足协及各地足协要实体化，足协不要搞成权力机构，应是服务机构。
1993年10月，中国足协在辽宁大连棒槌岛举行工作会议，决定在1994年推出职业联赛——全国足球甲级A组联赛，允许引进外援和外教，比赛实行主客场赛制。此外，还正式提出中国足球十年规划，即“男足世界杯前16名，奥运前8名，女足世界杯前3名”及建立20个职业俱乐部。
在红山口会议召开后，上海市体委和相关部门立即研究职业俱乐部的组建方案，最终确定由曾于1991年和1992年冠名赞助上海足球队的申花电器集团接手，将原上海足球队改制为上海申花足球俱乐部。
申花足球俱乐部本着“企业主办，政府支持，全社会关心”的宗旨，是一个具有独立法人资格的实体，实行董事长领导下的总经理负责制。原国奥队主教练徐根宝成为申花首任主教练。虽然当时申花队上海籍球员的人事关系仍全部属于上海市体委，但上海市体委已不再对申花队事宜进行直接的领导与管理，上海市政府和上海市体委对申花队非常重视，在俱乐部创办初期给予扶持和帮助。
里程碑的时刻。1993年12月10日，上海申花足球俱乐部正式成立。图为沪上足坛两位名帅王后军和徐根宝合影
1993—1999年，申花俱乐部由申花电器集团这所集体所有制企业独办。申花俱乐部成立初期，一直得到上海市黄浦区政府的支持与投入，俱乐部经过申请可得到800万～1200万元的资金支持，上海市黄浦区政府以“精神文明奖”的形式下发。这个时期，申花建立了世界先进的康桥训练基地。此外，申花参与建造全国第一个专业足球场——虹口足球场，俱乐部当时持有25%的股份。
2000—2001年，申花由多家国有企业参股合办。2000年2月3日，新组建的上海申花股份有限公司成立。原投资方申花电器集团退出，上海新世界（集团）有限公司、上海巴士实业（集团）股份有限公司、上海久事公司、上海申能（集团）有限公司、上海国际信托投资公司、上海华生化工有限公司和上海新高潮公司这7家上海大中型国有企业共同参股组建新的上海申花股份有限公司。
在上海市政府的推动下，2001年12月19日，上海申花SVA文广足球俱乐部有限公司成立。上海广电（集团）有限公司、上海文化广播影视集团、上海市黄浦区国有资产总公司三家单位对原上海申花足球俱乐部有限公司进行重组，成立新公司。上海申花SVA文广足球俱乐部有限公司注册资本3000万元，其中上海广电集团出资1875万元，占注册资本的50%；文广集团出资1125万元，占注册资本30%；上海黄浦国资以干股形式占20%股份。期间，楼世芳、吴冀南先后任俱乐部总经理。
2007年2月8日，上海申花SVA文广足球俱乐部有限公司与上海联城足球俱乐部有限公司召开新闻通气会，亮出两家俱乐部实行强强联合、增资扩股、全力打造全新申花的方案。
申花SVA文广足球俱乐部原有5家股东单位，其中上海广电集团有限公司、上海文化广播影视集团各占33%，上海电气集团总公司占20%，上海黄浦区国资经营总公司占12%，上海广电信息有限公司占2%。在原有5家股东不撤资的情况下，联城注入1.5亿元资金，扩大俱乐部的本金。由于原有5家股东的资本总额不足1.5亿元，所以联城成为控股股东。关于申花品牌的无形资产，仍然属于原来的5家股东单位。
2008年2月2日，上海申花官网发布一条名为“申花更名公告”的消息，“经上海市工商管理局核准，原上海申花SVA文广足球俱乐部有限公司正式更名为上海申花联盛足球俱乐部有限公司，现公司法定代表人为周军”。期间，俱乐部的实际控制人是投资人朱骏。
2014年1月30日，绿地集团与申花联盛足球俱乐部签署资产转让协议，绿地集团接手申花足球俱乐部资产。2021年，上海绿地申花正式恢复原名称“上海申花足球俱乐部有限公司”。
上海申花俱乐部是中国足球甲A联赛的创始球队之一，也是中超联赛创始球队之一。历史上，申花先后获得甲A联赛、中国足协杯、超霸杯等赛事的冠军，是中国足坛的传统强队之一。
1995年11月，上海申花足球队夺得全国甲A联赛冠军。月初的第一个星期天，上海申花足球队在虹口体育场三万余观众的呐喊助威声中，力克济南泰山队，提前两轮夺得全国足球甲A联赛的冠军。这座奖杯意义非同寻常，它帮助上海时隔33年夺得顶级联赛冠军，凝结着几代人的情结和梦想。奖杯重归故里，无数上海人为此度过一个欢腾的不眠之夜。1995年，申花的夺冠，广大球迷、市民把申花和足球看成三年大变样的上海最富魅力的文明景观之一，看成上海的一种象征。
1995年11月19日，在全国足球甲A联赛最后一轮比赛中， 上海申花队主场以2∶2的比分战平天津三星队。至此，上海 申花队以胜14场、平4场、负4场、积46分的成绩夺得1995全国足球甲A联赛冠军。这也是上海队自1962年以来首次夺得全国顶级联赛冠军
1999年11月1日，上海申花队在上海体育场2比1胜辽宁天润队，以两个回合4比2的总比分赢得决赛，首捧中国足协杯。同时成为中国足球职业联赛以来首支既夺得过联赛冠军又夺得足协杯赛冠军的球队。此役，申花面对气势逼人的天润，凭借老到的经验和娴熟的配合，后发制人，上半场即两破对方城池。下半时申花顶住压力，耐心与天润周旋，最终以2比1胜出。
2002赛季，上海足坛第一次出现两支顶级球队竞争的“上海滩德比”。3月9日，甲A联赛在虹口足球场举行揭幕战，上海中远2比0客场战胜上海SVA文广申花队。面对上海中远俱乐部接连用高价转会费购买申思、祁宏、成耀东等当家球星，上海申花SVA文广足球俱乐部开启年轻化的步伐。新任申花总经理楼世芳邀请徐根宝出山，再掌帅印。同时，申花合并由徐根宝创立、完全由年轻队员组成的上海有线俱乐部，补充杜威、孙吉、孙祥、于涛等多名极具潜力的年轻球员。在外援方面，转制后的申花摒弃2001年前南斯拉夫外援，补进鲁本·索萨等多名攻击型球员。申花本赛季成绩不佳，勉强保级成功。
2003年的甲A联赛，适应此前转制重组震荡的申花，在吴金贵教练的带领下，逐步开始发力。作为德比对手的申花、上海国际（原上海中远）在积分榜始终齐头并进。11月9日，申花在主场凭借张玉宁的帽子戏法4比1战胜上海国际，取得第一次德比胜利，同时在积分榜上反超对手一分。最终这一优势被保持到赛季末，申花夺冠，上海国际屈居亚军。这是中国足球历史上第一次由同一城市的球队包揽联赛冠亚军。不过后来在中国足坛的反腐扫黑风暴中，冠军被中国足协取消，未宣布新的冠军获得者。但上海德比大战给广大球迷带来很多欢乐、精神享受和火爆的球场氛围，并逐渐成为一个传统。
2003年申花联赛夺冠时刻，看台上的球迷打出“AGAIN 1995” 横幅（后因中国足坛的反腐扫黑，冠军被中国足协取消）
2007年，申花前往济南参加东亚俱乐部A3联赛，并力压鲁能和韩日参赛球队夺冠，申花也是第一支获得A3联赛冠军的中国球队。
申花俱乐部成立后，即将年满50岁的徐根宝，成为申花队首位主教练。徐根宝重组了以新秀为主的队伍，较早引进内外援，坚持严格管理、严格训练、严格要求，在保持上海足球细腻、灵巧的传统风格，以抢、逼、围的手段，体现当代足球有力量、有速度、有技术、攻守平衡的打法。执教申花三年，徐根宝取得季军、冠军和亚军的成绩，重现上海足球昔日辉煌。
徐根宝为申花打造鲜明的技战术风格，培育了一大批青年才俊。徐根宝开创的“抢逼围风格”，对当时习惯“慢悠悠站着踢”的中国足坛造成巨大冲击。精气神十足的申花队，用朝气蓬勃、符合发展潮流的技战术打法，掀起青春风暴。在徐根宝执教下，范志毅、祁宏、谢晖、朱琪、吴承瑛等申花年轻队员崭露头角，先后入选中国国家队。率队夺冠后，徐根宝被评为1995年甲A联赛最佳教练，他还带队夺得中国足协杯亚军、超霸杯冠军，是中国职业足球历史上最成功的本土教练之一。
1996年12月，45岁的保加利亚人斯托伊科夫成为申花历史上首位外教，俱乐部从此进入外籍教练时代。斯托伊科夫执教球队9场后下课，执教数据为3胜5平1负，进13球失5球。波兰老帅安杰伊在1997赛季中途接手申花，率队拿到联赛亚军、足协杯亚军。
1998赛季上半阶段，申花表现起伏较大，在第12轮战平延边队后，安杰伊被巴西人墨里西取代。作为国际足联高级讲师，墨里西的到来促使申花真正开始向技术型风格过度，1998赛季，墨里西带领申花夺得历史上第一个中国足协杯冠军，成为申花俱乐部历史上第一任“冠军外教”。1999年，塞巴斯蒂奥·拉扎罗尼担任申花主教练，他是巴西名帅，曾率领巴西队参加1990年意大利世界杯。他带领申花获 1999赛季第五。
2000赛季，俱乐部聘请欧冠冠军级教练——彼德洛维奇，他被申花队员称为“老彼德”，执教风格简单硬朗，强调人盯人，对防守的重视超过进攻，但在场面被动下还是能稳定获胜，“老彼德”这种相对保守的打法带领申花拿到亚军。2001赛季，上海申花引进前南斯拉夫国家队的整套教练班子，佩特科维奇来到上海执教。佩特科维奇注重技术流的技战术打法、人性化的管理方式。执教成绩方面，申花夺得上半程冠军并保持12场不败，进入夏季战役后，前进的势头有所减弱，最终获得联赛亚军。俱乐部在赛季结束后进行股权转让。
2002年底，申花进行股权转让后，徐根宝创办的上海有线俱乐部被申花收购。作为有线的负责人，徐根宝“二进宫”执掌申花帅印，但因为战术打法等综合原因，球队成绩波动。2002赛季结束后，助理教练吴金贵出任执行主教练。吴金贵是申花历史上累计执教时间最长的主教练，也是申花历史上累计拿到积分最多的主教练。在先后以助理教练的身份辅佐六任主教练后，吴金贵率领申花征战了2002、2003赛季，之后，吴金贵被中国足协选拔进入中国国家队教练组，辅佐时任主帅哈恩。
2004赛季，申花在中超元年请来英格兰教练威尔金森，志在卫冕。然而威尔金森与申花磨合了两个月后，因为家庭原因离开上海。在威尔金森离去后，贾秀全成为该赛季申花教练，联赛16轮过后被解雇。之后，俄罗斯老帅涅波姆尼亚奇成为该赛季第三位球队主帅，上任首场比赛就赢下上海滩德比，但这是他接手申花后赛季唯一一场赢球。2005赛季，他带领申花双杀同城对手上海国际。
2006赛季，吴金贵第二次执申花教鞭，他分别引进李玮峰、吴伟超和杜威，组成申花历史上最强的后卫组合“超威锋”，整个赛季仅丢19球，创造申花中超失球最少纪录。在中超联赛中，申花获得亚军；在亚冠联赛中，球队杀入八强，是申花在亚冠联赛的历史最好成绩。
2007年，申花与联城合并后，俱乐部聘用上海联城主帅、乌拉圭人吉梅内斯掌舵，两支中超球队合二为一。10月，吉梅内斯下课，吴金贵第三次执教申花，打完申花最后6场联赛。
2008赛季，吴金贵率申花打出流畅比赛，一度排名联赛榜首。在申花客场1比1平浙江绿城后，贾秀全指挥剩余比赛。
2010赛季，米洛斯拉夫·布拉泽维奇受聘为申花主教练。他大力挖掘培养的冯仁亮、宋博轩、吴曦、姜嘉俊等小将，球队拿到联赛第三的成绩。
1993年底，在申花公布的首批22名队员中，有16位是原上海一队队员，如范志毅、成耀东、朱琪、李晓等，另有吴承瑛等6名原上海二队队员。全队平均年龄仅23岁，非常年轻。首任主帅徐根宝大胆起用新人，他推崇的抢逼围也更适合年轻队员。联赛第一年，范志毅、朱琪、申思等年轻人表现抢眼，在1995赛季的夺冠年，谢晖、吴承瑛、祁宏迅速成长为主力，挑起球队大梁。联赛早期，申花队的国内球员清一色全部是上海籍，直到1998年初从广东宏远队购入区楚良，他成为申花队历史上第一位非上海籍球员。
职业联赛初创时期，申花队在引进外援方面就走在全国前列。1994年初，申花队从圣彼得堡斯密纳队购入3名俄罗斯外援。1994年联赛初期，只有申花和沈阳两队引进外援，这一做法对当时的中国足坛带来较大的震动。
1994年3月，上海申花俱乐部首次引进的3名俄罗斯外援，右起莎沙（前卫）、季马（守门员）、瓦洛佳（前锋）。3人的合同聘期为一年
1994赛季，申花历史上第一批外援，来自东欧俄罗斯。年仅20岁的瓦洛嘉单赛季进11个进球，成为全队最佳射手，并荣获中国职业联赛第一个“最佳外援奖”。同样是来自俄罗斯业余俱乐部斯密纳队的莎莎，能踢右后卫、右前卫和后腰三个位置，“多面手”的特质让他在1995赛季被留用。
1995赛季，格鲁吉亚门将高佳成球队第一次夺得联赛冠军功臣。那个辉煌的冠军赛季，绍绍里安尼·高佳也成为上海滩家喻户晓的名字。1996赛季，申花迎来甲A历史上的首位大牌外援佩雷斯，佩雷斯、加西亚和布雷组成的“法式三杰”，加速申花从“抢逼围”到技术流的全面转型。
1997赛季，斯托伊科夫成申花历史首位洋帅，一年使用7名外援。2000赛季，申花从青岛海牛租借的前锋萨里奇收获10个进球。2001赛季，申花引进历史上最大牌的巴西国脚巴亚诺，但表现低迷。2003赛季，申花引进德国中场球星阿尔贝茨，从巴西引进塞尔维亚球星佩特科维奇，加上塞尔维亚后卫托马斯和黑色闪电马丁内斯，这四名外援特色鲜明，被申花球迷认为是最成功的一届外援。
2010赛季，俱乐部引进的哥伦比亚年轻球员里亚斯科斯在老帅布拉泽维奇的下大爆发，被认为是申花十年历史上最成功的外援之一。此后申花又引进了德罗巴、阿内尔卡、莫雷诺、特维斯、邓巴巴、卡希尔等国际级球星。
2016年7月22日，申花外援登巴巴在比赛中意外骨折，手术在普陀区人民医院进行。从早上8点多开始，就有申花球迷陆陆续续来到医院，球迷们穿着“登巴巴加油”字样的T恤，拉起横幅，焦急等待着手术结果
虽然上海申花不是历史上夺冠次数最多的俱乐部，但在商业开发、市场经营方面，始终处于领先地位。职业联赛初创之初，全国各队对如何进行职业化运作缺乏理性认识，没有可参考的模式。作为上海首家职业俱乐部，一切条例均无章可循，只能经一阶段试行后不断完善，打造一支一流球队。
职业联赛点燃中国对足球的热情，依托潜力巨大的上海市场，申花队逐渐在商业开发方面走在全国前列，强大的市场经营能力成为申花俱乐部的一块金字招牌。1995年在其他队伍仍是“一穷二白”之际，申花队获得了比赛服装、胸前背后袖标位置的赞助商，且都是国际知名品牌。1995年申花成绩一路走高，极大地激发了上海球迷的热情，尤其9月17日申花主场对北京国安的争冠大战，一票难求。1996年，申花发售套票24000张，只留2000张零售票在赛前出售。
20世纪90年代，申花俱乐部冠名赞助的球星电线年，虹口体育场改造，申花主场放在容量更大的上海体育场，球迷支持度依旧不错。此外，申花俱乐部也曾学习欧美先进模式，开拓更多吸引球迷的途径，为球迷服务。1996年建立申花足球总会会所，并在1997年起率先设立球迷用品专卖柜。
1999年7月21日，带着三冠王头衔而来的曼联在上海体育场以2比0击败上海申花，这是中国职业足球历史上最成功的商业赛事。仅一场90分钟的商业赛，门票收入就达1000万元，整场比赛盈利1600万元。2000年，申花俱乐部把球队副冠名权和胸前广告卖给托普集团，价格是3年1000万美元，这是当时职业联赛的最高纪录。
申花也是甲A时代实现商业运营的俱乐部。1998年申花俱乐部总收入达到5000万元，1999年通过场地广告、球衣广告(两项共2600万元)、曼联比赛收入(1000万元)、其他广告，以及比赛门票和出售球员获得的收入，和1998年持平。包括实现范志毅、谢晖留洋等，同样让申花探索运营之道，以及SVA文广时代的申花，俱乐部把索尔·马丁内斯出售给日本俱乐部，也实现了通过球员转会获得增值。
上海申花是上海体育改革发展的一个缩影，更是上海海纳百川、追求卓越、开明睿智、大气谦和的城市精神写照。在中国足球改革的进程中，上海敢为人先，勇于探索，申花比别人走得早。作为中国第一家真正的职业足球俱乐部，上海申花在全国勇立潮头，率先和体委脱钩，接轨国际潮流，探索职业俱乐部体制。申花在国内第一个实现了联赛、足协杯和超霸杯冠军的“大满贯”，申花在国内第一个建立世界级的康桥训练基地，参与建造国内第一个专业足球场——虹口足球场，申花也是第一个导入整体形象设计、文化理念的俱乐部。2023年，申花回归整修一新的上海体育场，作为新一赛季的主场。
申花代表的上海足球职业化改革，还给上海带来高附加值的精神产品，这就是万众一心、奋发向上的上海人的精神风貌。这也许可以视为上海对中国特色的职业化足球的一大创意。1995年夺冠的那个赛季，足球牵动千万上海人的心，申花也成为上海的一张城市名片。